More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_3336 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  598  1e-170  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 329 aa  186  4e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 329 aa  186  4e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 313 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 333 aa  178  8e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 		 297 aa  178  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 313 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  33.01 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  31.09 
 
 		 316 aa  175  8e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 336 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 295 aa  169  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 297 aa  169  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  37.21 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 329 aa  167  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  36.91 
 
 		 304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 298 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 320 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 320 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 315 aa  163  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 345 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 311 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  33.78 
 
 		 316 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 298 aa  162  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 302 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 321 aa  159  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 315 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.33 
 
 		 309 aa  159  7e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 297 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 297 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6204  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 326 aa  158  9e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 328 aa  157  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 302 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 394 aa  156  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0693  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 300 aa  156  4e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 302 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 316 aa  155  9e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 297 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 320 aa  155  9e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  35.51 
 
 		 297 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 316 aa  155  9e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  35.51 
 
 		 297 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 316 aa  155  9e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 318 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.41 
 
 		 314 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 314 aa  152  8e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 323 aa  152  8e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 326 aa  152  8e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  32.57 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 297 aa  152  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.42 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 305 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 310 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  34.58 
 
 		 319 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>