More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4567 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 332 aa  673    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 304 aa  273  3e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 333 aa  192  5e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 300 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 323 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  35.5 
 
 		 323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34 
 
 		 300 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 342 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 318 aa  171  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 333 aa  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 316 aa  169  9e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 		 326 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  35.03 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 432 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 313 aa  162  6e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  161  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  32.55 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 312 aa  160  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 313 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 314 aa  160  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 314 aa  159  6e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  158  9e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.35 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 312 aa  158  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  32.14 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 321 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  34.09 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 308 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 313 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 313 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 306 aa  156  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 307 aa  156  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  31.08 
 
 		 302 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 308 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 311 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 315 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.63 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.19 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2547  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 313 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 333 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>