More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_4978 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 319 aa  634    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  99.69 
 
 		 319 aa  631  1e-180  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  94.59 
 
 		 316 aa  593  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  64.04 
 
 		 313 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 333 aa  363  2e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0503  LysR family transcriptional regulator  62.33 
 
 		 309 aa  345  4e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.379788  hitchhiker  0.000831033 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  59.93 
 
 		 321 aa  344  1e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  53.11 
 
 		 314 aa  317  1e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1026  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3118  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 310 aa  192  9e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 318 aa  186  4e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  37.78 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 432 aa  181  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 323 aa  180  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 320 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 312 aa  178  1e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  177  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 394 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 304 aa  175  8e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 308 aa  172  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 316 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 332 aa  169  6e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  34.87 
 
 		 309 aa  166  4e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  36.24 
 
 		 304 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  34.11 
 
 		 316 aa  166  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 301 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.99 
 
 		 309 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 313 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  33.33 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 314 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 333 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.88 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  34.58 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 313 aa  164  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 309 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 313 aa  164  3e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 313 aa  164  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 313 aa  164  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 333 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 313 aa  162  6e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 322 aa  162  9e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  33.33 
 
 		 314 aa  161  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  35.57 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 306 aa  162  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 320 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 345 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 320 aa  161  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  33.12 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 297 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 316 aa  159  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.56 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 316 aa  159  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  159  6e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 298 aa  159  7e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>