More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3040 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  607  1e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  99.34 
 
 		 304 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  90.46 
 
 		 304 aa  558  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  87.5 
 
 		 304 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  87.83 
 
 		 304 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  87.5 
 
 		 304 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  87.5 
 
 		 304 aa  542  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  86.51 
 
 		 304 aa  512  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  86.18 
 
 		 304 aa  510  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  81.38 
 
 		 314 aa  458  9.999999999999999e-129  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2183  LysR family transcriptional regulator  83.1 
 
 		 304 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.0364497 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 307 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  67.01 
 
 		 300 aa  401  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 301 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  63.12 
 
 		 301 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  62.88 
 
 		 300 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  62.88 
 
 		 300 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  60.33 
 
 		 320 aa  372  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  58 
 
 		 309 aa  351  8e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 308 aa  348  8e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3265  transcriptional regulator, LysR family  57.33 
 
 		 309 aa  347  2e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  59.87 
 
 		 324 aa  339  4e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1584  LysR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 324 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.275662 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2074  LysR family transcriptional regulator  55.18 
 
 		 307 aa  323  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.572241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3669  LysR family transcriptional regulator  55.18 
 
 		 322 aa  324  1e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.654811 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  47 
 
 		 300 aa  274  1.0000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 432 aa  171  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 306 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1026  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 311 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 302 aa  166  4e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 316 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 316 aa  165  8e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.99 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 320 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 320 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 345 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 306 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 319 aa  162  6e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33 
 
 		 319 aa  162  9e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 320 aa  162  9e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 321 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  35.14 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 331 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 314 aa  159  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  33.22 
 
 		 314 aa  158  9e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 329 aa  158  1e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 306 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 306 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 309 aa  155  6e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 297 aa  155  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 316 aa  155  7e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 312 aa  155  8e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  31.25 
 
 		 316 aa  155  8e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.32 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.67 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 321 aa  153  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 302 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 316 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 306 aa  152  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 318 aa  152  8e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.88 
 
 		 299 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 333 aa  151  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3118  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  32.88 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>