More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1595 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 313 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0503  LysR family transcriptional regulator  90.61 
 
 		 309 aa  509  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.379788  hitchhiker  0.000831033 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  78.43 
 
 		 333 aa  445  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  63.52 
 
 		 319 aa  394  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  62.94 
 
 		 316 aa  392  1e-108  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  63.52 
 
 		 319 aa  392  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  59.68 
 
 		 314 aa  361  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  61.69 
 
 		 321 aa  344  1e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1026  transcriptional regulator, LysR family  37.83 
 
 		 311 aa  209  4e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3118  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 309 aa  192  7e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 301 aa  187  3e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 318 aa  182  4.0000000000000006e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 310 aa  182  8.000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 432 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  40.53 
 
 		 307 aa  179  7e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 		 304 aa  177  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 301 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 318 aa  169  5e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  33.66 
 
 		 310 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 313 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 333 aa  166  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.01 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 308 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  33.77 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 308 aa  161  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  161  2e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.44 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 317 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 323 aa  159  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 304 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 332 aa  159  7e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  32.39 
 
 		 316 aa  159  8e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  33.97 
 
 		 323 aa  158  9e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 329 aa  158  1e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  33.65 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 329 aa  156  4e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 312 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 333 aa  155  6e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 334 aa  155  8e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 320 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 320 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 336 aa  154  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 345 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.8 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.15 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 317 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 312 aa  152  8.999999999999999e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  33.02 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 306 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  34.01 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 314 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  31.62 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 313 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>