More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2234 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  598  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  97.67 
 
 		 301 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  97.67 
 
 		 300 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  97.66 
 
 		 301 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  75.25 
 
 		 307 aa  461  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  69.57 
 
 		 300 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 304 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  65.55 
 
 		 304 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  65.55 
 
 		 304 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  63.55 
 
 		 304 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  62.88 
 
 		 304 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  62.88 
 
 		 304 aa  380  1e-104  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  63.55 
 
 		 304 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  63.21 
 
 		 304 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  63.55 
 
 		 304 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  63.25 
 
 		 314 aa  340  1e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  56.31 
 
 		 320 aa  334  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2183  LysR family transcriptional regulator  61.84 
 
 		 304 aa  332  5e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.0364497 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  56.19 
 
 		 308 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1584  LysR family transcriptional regulator  55.85 
 
 		 324 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.275662 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2074  LysR family transcriptional regulator  54.85 
 
 		 307 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.572241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3669  LysR family transcriptional regulator  54.85 
 
 		 322 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.654811 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 324 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3265  transcriptional regulator, LysR family  52.51 
 
 		 309 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.51 
 
 		 309 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  43.92 
 
 		 300 aa  253  4.0000000000000004e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 312 aa  173  2.9999999999999996e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 308 aa  172  6.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 304 aa  169  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 316 aa  169  6e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 314 aa  160  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  36.57 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.77 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.23 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 432 aa  159  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 323 aa  159  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 309 aa  158  9e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 342 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  32.78 
 
 		 310 aa  155  6e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 319 aa  155  6e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 314 aa  155  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 329 aa  155  1e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.13 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 320 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  32.68 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 345 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 311 aa  152  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 314 aa  152  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 326 aa  152  8e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 314 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 305 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 312 aa  150  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 321 aa  149  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 328 aa  149  6e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 306 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.03 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 334 aa  147  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  31.58 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 332 aa  146  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 320 aa  146  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1026  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 311 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  31.88 
 
 		 302 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 315 aa  145  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>