More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2863 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
304 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  99.67 
 
 
304 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  99.01 
 
 
304 aa  600  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  99.67 
 
 
304 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  90.46 
 
 
304 aa  558  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  87.83 
 
 
304 aa  544  1e-154  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  87.5 
 
 
304 aa  542  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  86.51 
 
 
304 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  86.18 
 
 
304 aa  513  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  83.1 
 
 
314 aa  470  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2183  LysR family transcriptional regulator  85.52 
 
 
304 aa  462  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.0364497 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  67.79 
 
 
307 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  68.03 
 
 
300 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  63.88 
 
 
301 aa  381  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  63.79 
 
 
301 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  63.55 
 
 
300 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  63.55 
 
 
300 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  59.34 
 
 
320 aa  372  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  58.67 
 
 
309 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3265  transcriptional regulator, LysR family  58.33 
 
 
309 aa  355  6.999999999999999e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  57.67 
 
 
308 aa  347  1e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  59.87 
 
 
324 aa  341  9e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1584  LysR family transcriptional regulator  55.26 
 
 
324 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.275662 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2074  LysR family transcriptional regulator  54.52 
 
 
307 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.572241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3669  LysR family transcriptional regulator  54.52 
 
 
322 aa  321  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.654811 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  48 
 
 
300 aa  278  9e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 
310 aa  186  4e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
432 aa  175  7e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 
305 aa  172  5e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.78 
 
 
300 aa  172  5.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 
309 aa  172  5.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
301 aa  172  9e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 
304 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
320 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 
302 aa  167  1e-40  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
320 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
345 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 
316 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  37.34 
 
 
298 aa  166  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
319 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
306 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 
316 aa  165  8e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 
297 aa  165  9e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  35 
 
 
308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1026  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 
311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  34.92 
 
 
304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
329 aa  163  3e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33 
 
 
319 aa  163  3e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
317 aa  163  3e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
333 aa  163  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 
306 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  34.58 
 
 
304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
329 aa  162  5.0000000000000005e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  31.91 
 
 
316 aa  162  6e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
306 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 
309 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
305 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
321 aa  160  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 
302 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 
306 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
308 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
314 aa  160  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 
320 aa  160  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
306 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
305 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
311 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
310 aa  159  7e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
308 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
307 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
302 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
306 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 
297 aa  157  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2681  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
306 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 
318 aa  157  2e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
312 aa  157  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  32.89 
 
 
314 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 
323 aa  157  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 
323 aa  157  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
297 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
307 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
308 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
314 aa  156  4e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 
321 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
305 aa  156  4e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 
333 aa  156  4e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
308 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
315 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
312 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0703  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
306 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497833  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0219  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
306 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
316 aa  155  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
314 aa  155  7e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
313 aa  155  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
322 aa  155  8e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.55 
 
 
299 aa  155  8e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 
309 aa  154  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
331 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.885703 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>