More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3376 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 310 aa  629  1e-179  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 308 aa  265  8e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 316 aa  194  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  37.8 
 
 		 319 aa  192  4e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 304 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 319 aa  192  8e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.63 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 304 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  36.27 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 432 aa  185  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 333 aa  183  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1762  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 321 aa  179  4e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 304 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  37.89 
 
 		 313 aa  179  8e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 320 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 300 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  37.58 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  37.58 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.89 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 314 aa  176  3e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 309 aa  176  3e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  34.87 
 
 		 321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 308 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0503  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 309 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.379788  hitchhiker  0.000831033 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.12 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  35.23 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 320 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 313 aa  163  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 314 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3118  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 321 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1026  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  36.75 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  34.01 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2183  LysR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.0364497 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 322 aa  155  6e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 315 aa  155  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 305 aa  155  7e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 307 aa  155  8e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 306 aa  155  9e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2681  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 		 330 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 326 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0703  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497833  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0219  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0670  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 306 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.155019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 314 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 320 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  33.56 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.46 
 
 		 309 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 298 aa  149  6e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 311 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 311 aa  149  7e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>