More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0894 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  647    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  95.87 
 
 		 394 aa  620  1e-176  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  82.17 
 
 		 316 aa  545  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  81.59 
 
 		 315 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  81.59 
 
 		 315 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 309 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 309 aa  352  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 309 aa  352  5e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 309 aa  352  5e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 309 aa  351  7e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 309 aa  351  7e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 309 aa  351  8e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 309 aa  351  8e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 309 aa  351  8e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2074  LysR family transcriptional regulator  56.62 
 
 		 507 aa  351  1e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.834558  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2525  LysR family regulatory protein  56.62 
 
 		 508 aa  350  2e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.149922  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  55.23 
 
 		 310 aa  346  3e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  55.63 
 
 		 309 aa  345  5e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  55.23 
 
 		 310 aa  345  6e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 307 aa  311  1e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  48.82 
 
 		 312 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 326 aa  294  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  48.66 
 
 		 326 aa  293  3e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 342 aa  291  9e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 313 aa  285  7e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 313 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  45.19 
 
 		 325 aa  282  4.0000000000000003e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2032  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 315 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1416  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 315 aa  273  3e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0034  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.27 
 
 		 315 aa  272  4.0000000000000004e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  43.33 
 
 		 327 aa  271  2e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0882  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.493693  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3205  LysR family regulatory protein  48.66 
 
 		 315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2716  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1894  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.534737  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3189  transcriptional regulator  48.66 
 
 		 315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3150  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0715  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 315 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.829765  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 325 aa  257  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 310 aa  255  7e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0732  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 315 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.635056  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0836  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 314 aa  252  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0352  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 314 aa  252  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139438  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0808  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3928  LysR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.250342  normal  0.0702681 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2548  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 		 315 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.591994 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5286  transcriptional regulator LysR family  42.81 
 
 		 333 aa  243  3e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.155705  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 326 aa  242  7e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 391 aa  226  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3943  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 388 aa  223  4e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.399731  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3496  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 394 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000514249 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3437  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 390 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0826083  normal  0.0701512 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4028  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 394 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4338  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 394 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4558  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 386 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.82117 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.44 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 319 aa  171  2e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 316 aa  168  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  165  9e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.61 
 
 		 300 aa  153  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 305 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 307 aa  149  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 309 aa  149  8e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 308 aa  148  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 316 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.45 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 310 aa  146  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.72 
 
 		 314 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 312 aa  145  6e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 317 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 298 aa  144  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 318 aa  142  5e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 308 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 322 aa  142  8e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 333 aa  142  8e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>