More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3943 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3943  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 388 aa  771    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.399731  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  86.19 
 
 		 391 aa  636    Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3437  LysR family transcriptional regulator  95.13 
 
 		 390 aa  719    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0826083  normal  0.0701512 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3496  LysR family transcriptional regulator  84.77 
 
 		 394 aa  608  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000514249 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4028  LysR family transcriptional regulator  84.01 
 
 		 394 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4338  LysR family transcriptional regulator  84.01 
 
 		 394 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4558  LysR family transcriptional regulator  81.15 
 
 		 386 aa  511  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.82117 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 309 aa  334  1e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 309 aa  334  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 309 aa  333  3e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 309 aa  333  3e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2525  LysR family regulatory protein  53.18 
 
 		 508 aa  333  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.149922  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2074  LysR family transcriptional regulator  53.18 
 
 		 507 aa  333  4e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.834558  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 309 aa  332  5e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 309 aa  332  5e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  54.93 
 
 		 309 aa  332  5e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 309 aa  332  9e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 309 aa  332  9e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  54.13 
 
 		 309 aa  331  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  54.13 
 
 		 310 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  53.8 
 
 		 310 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 307 aa  267  2e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  45.95 
 
 		 326 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 326 aa  244  3e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2032  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 315 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 342 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2716  LysR family transcriptional regulator  50.59 
 
 		 315 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0882  LysR family transcriptional regulator  50.59 
 
 		 315 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.493693  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3205  LysR family regulatory protein  50.59 
 
 		 315 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1894  LysR family transcriptional regulator  50.59 
 
 		 315 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.534737  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1416  LysR family transcriptional regulator  50.99 
 
 		 315 aa  231  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3189  transcriptional regulator  50.59 
 
 		 315 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3150  LysR family transcriptional regulator  50.59 
 
 		 315 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  41.28 
 
 		 316 aa  229  9e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0715  LysR family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 315 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.829765  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 		 315 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 		 315 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 394 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  42.14 
 
 		 312 aa  225  9e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 316 aa  223  6e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0808  LysR family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 315 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3928  LysR family transcriptional regulator  48.54 
 
 		 315 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.250342  normal  0.0702681 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0836  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 313 aa  218  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0352  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139438  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0732  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 315 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.635056  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  41.14 
 
 		 325 aa  216  5.9999999999999996e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2548  LysR family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 315 aa  209  7e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.591994 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 313 aa  209  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 327 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 325 aa  191  1e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 326 aa  185  9e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0034  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.64 
 
 		 315 aa  180  4e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5286  transcriptional regulator LysR family  33.33 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.155705  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 314 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.23 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  31.54 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 317 aa  145  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 432 aa  144  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.65 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 310 aa  143  6e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 304 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.65 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 317 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 306 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 311 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 306 aa  136  8e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 309 aa  136  8e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 306 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.59 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 307 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 308 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 297 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 305 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 318 aa  134  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 315 aa  133  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 319 aa  133  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 334 aa  133  5e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 323 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 314 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 308 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>