More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2134 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  625  1e-178  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  70.07 
 
 		 327 aa  436  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  65.47 
 
 		 313 aa  423  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 326 aa  341  9e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 325 aa  339  4e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 309 aa  285  5e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 309 aa  285  5e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 309 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 309 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 309 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 309 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 309 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 309 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 309 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 309 aa  285  7e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  46.6 
 
 		 310 aa  285  9e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 310 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2074  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 507 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.834558  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2525  LysR family regulatory protein  46.94 
 
 		 508 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.149922  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 		 315 aa  263  4e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  43.43 
 
 		 316 aa  262  4.999999999999999e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 		 315 aa  262  4.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 394 aa  259  3e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 307 aa  256  3e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 316 aa  255  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  42.41 
 
 		 312 aa  245  8e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 313 aa  233  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  40.94 
 
 		 325 aa  229  5e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0034  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.24 
 
 		 315 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 391 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 326 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2032  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 326 aa  208  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3437  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 390 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0826083  normal  0.0701512 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3943  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 388 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.399731  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3496  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 394 aa  207  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000514249 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5286  transcriptional regulator LysR family  39.09 
 
 		 333 aa  205  7e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.155705  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 342 aa  202  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4028  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 394 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4338  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 394 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1416  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0882  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.493693  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2716  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3205  LysR family regulatory protein  42.37 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1894  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.534737  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3189  transcriptional regulator  42.37 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3150  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0715  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.829765  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0808  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0732  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 315 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.635056  normal  0.128447 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3928  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 315 aa  170  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.250342  normal  0.0702681 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0836  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 314 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0352  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 314 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139438  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4558  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 386 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.82117 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.07 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.91 
 
 		 300 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2548  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 315 aa  162  9e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.591994 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 306 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 329 aa  150  4e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  30.35 
 
 		 316 aa  149  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 312 aa  149  6e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 329 aa  149  8e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  32.57 
 
 		 314 aa  146  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 312 aa  146  5e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 305 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 317 aa  145  6e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 301 aa  145  9e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 329 aa  145  1e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  35.88 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  35.88 
 
 		 304 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 316 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3544  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  28.99 
 
 		 314 aa  143  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 432 aa  143  5e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 341 aa  142  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 306 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2441  hypothetical protein  31.61 
 
 		 305 aa  142  9e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>