More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_00455 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  100 
 
 		 341 aa  695    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  94.25 
 
 		 314 aa  604  9.999999999999999e-173  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  77 
 
 		 318 aa  511  1e-144  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  72.44 
 
 		 313 aa  477  1e-133  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  65.06 
 
 		 313 aa  440  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  52.81 
 
 		 306 aa  330  2e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 310 aa  324  1e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 		 305 aa  320  3e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  36.58 
 
 		 309 aa  169  7e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 321 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 320 aa  155  6e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 310 aa  155  7e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 327 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 313 aa  152  8e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  151  1e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 329 aa  151  1e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 322 aa  151  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 313 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  33.44 
 
 		 314 aa  149  7e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 313 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.79 
 
 		 314 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  30.75 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  33.93 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 322 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 330 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  30.89 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  31.99 
 
 		 326 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  29.28 
 
 		 327 aa  144  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  31.46 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 312 aa  143  5e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  33.1 
 
 		 298 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 310 aa  142  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  31.41 
 
 		 323 aa  142  6e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 336 aa  142  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 310 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 316 aa  142  9e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 321 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 323 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  33.1 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 323 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 308 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  30.48 
 
 		 319 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  29.26 
 
 		 326 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.97 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 307 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  133  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 324 aa  133  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 323 aa  133  5e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 319 aa  133  5e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 314 aa  133  6e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.28 
 
 		 321 aa  132  6e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 314 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 319 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  29.78 
 
 		 323 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 342 aa  132  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 310 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 319 aa  132  9e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.18 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 312 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 314 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>