More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3365 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  633  1e-180  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  96.18 
 
 		 314 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  95.86 
 
 		 314 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  89.49 
 
 		 314 aa  574  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  40.2 
 
 		 309 aa  229  5e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  37.07 
 
 		 304 aa  203  4e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  37.16 
 
 		 307 aa  169  5e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  32.03 
 
 		 327 aa  159  8e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 321 aa  155  7e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 323 aa  155  8e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 320 aa  155  8e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 295 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 302 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 309 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 333 aa  151  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  33.9 
 
 		 326 aa  150  4e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 323 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 319 aa  145  6e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 309 aa  145  8.000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  36.92 
 
 		 321 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 330 aa  145  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 323 aa  144  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  29.64 
 
 		 322 aa  145  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 319 aa  143  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.47 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  31.29 
 
 		 314 aa  142  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 313 aa  142  6e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.57 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 321 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.95 
 
 		 299 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 329 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 329 aa  139  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.8 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 329 aa  139  8.999999999999999e-32  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 342 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 312 aa  138  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  29.19 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  29.57 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 294 aa  136  4e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  30.26 
 
 		 311 aa  136  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 311 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 311 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.67 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  31.43 
 
 		 341 aa  132  6e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 319 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 315 aa  132  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 310 aa  132  7.999999999999999e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 332 aa  132  7.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 313 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 313 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 316 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2008  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0820401  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1094  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>