More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6199 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  608  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  60.94 
 
 		 306 aa  349  3e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  58.16 
 
 		 298 aa  317  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  58.5 
 
 		 297 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  57.48 
 
 		 298 aa  311  6.999999999999999e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  57.73 
 
 		 309 aa  307  2.0000000000000002e-82  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  57.82 
 
 		 314 aa  305  8.000000000000001e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  56.12 
 
 		 295 aa  301  1e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  56.81 
 
 		 304 aa  301  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  55 
 
 		 321 aa  301  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  56.46 
 
 		 298 aa  297  2e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  52 
 
 		 319 aa  293  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  52.53 
 
 		 304 aa  281  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 323 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  49 
 
 		 325 aa  267  2e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 301 aa  265  5.999999999999999e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 325 aa  262  4e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 319 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 339 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 339 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 301 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  48.04 
 
 		 323 aa  250  2e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 295 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 353 aa  248  7e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 301 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 307 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  45.07 
 
 		 305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 307 aa  229  6e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 310 aa  224  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  40.82 
 
 		 319 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 300 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  45.39 
 
 		 307 aa  218  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 301 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  40.14 
 
 		 321 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  42.7 
 
 		 313 aa  199  5e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 278 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 323 aa  193  3e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  41.95 
 
 		 317 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  43.12 
 
 		 300 aa  178  8e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 328 aa  176  3e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  41.32 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  37.42 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  40.86 
 
 		 303 aa  166  6.9999999999999995e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  31.7 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  32.34 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 432 aa  152  5.9999999999999996e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0790  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 323 aa  149  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 333 aa  150  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  32.89 
 
 		 309 aa  148  9e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 323 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.9 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  34.52 
 
 		 326 aa  145  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 331 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  30.21 
 
 		 347 aa  144  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.45 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 314 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.27 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 314 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 315 aa  140  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.22 
 
 		 310 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 311 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 327 aa  139  7e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.36 
 
 		 323 aa  139  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 320 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  30.1 
 
 		 316 aa  135  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 322 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 298 aa  134  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>