More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4455 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  96.01 
 
 		 301 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  94.68 
 
 		 301 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  82.12 
 
 		 302 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  67.57 
 
 		 305 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  59.52 
 
 		 319 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  57.91 
 
 		 307 aa  347  1e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  60.2 
 
 		 321 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  56.38 
 
 		 307 aa  339  2.9999999999999998e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  56.94 
 
 		 305 aa  322  4e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  59.6 
 
 		 307 aa  319  5e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 301 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  47.7 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 301 aa  258  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 		 317 aa  257  2e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  47.99 
 
 		 297 aa  256  4e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 278 aa  254  8e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 298 aa  244  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 314 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 298 aa  242  6e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 295 aa  241  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 304 aa  236  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  44.04 
 
 		 304 aa  229  3e-59  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 313 aa  225  8e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 309 aa  222  6e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  45.16 
 
 		 323 aa  219  5e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 301 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 295 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 319 aa  216  5e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  41.45 
 
 		 321 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 308 aa  215  7e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 323 aa  206  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 325 aa  205  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 339 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 339 aa  202  7e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 319 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 323 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 353 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 328 aa  174  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  39.57 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  36.42 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  32.89 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 300 aa  148  9e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 307 aa  142  9e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.82 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 308 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  29.39 
 
 		 347 aa  134  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  30.54 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  29.01 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 315 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 318 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.85 
 
 		 330 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 322 aa  129  4.0000000000000003e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 314 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 321 aa  129  5.0000000000000004e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.74 
 
 		 299 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  34.24 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 309 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  28.52 
 
 		 322 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 315 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>