More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0871 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  83.77 
 
 		 301 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  82.78 
 
 		 301 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  82.12 
 
 		 301 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  62.75 
 
 		 305 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 307 aa  348  5e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  55.52 
 
 		 307 aa  337  9.999999999999999e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  55.85 
 
 		 319 aa  334  1e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  56.34 
 
 		 305 aa  317  1e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  56.19 
 
 		 321 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  57.72 
 
 		 307 aa  315  6e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 301 aa  276  3e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 278 aa  249  4e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  45.89 
 
 		 301 aa  248  8e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  45.87 
 
 		 298 aa  245  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  45.21 
 
 		 297 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 306 aa  238  6.999999999999999e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 298 aa  235  5.0000000000000005e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 304 aa  233  2.0000000000000002e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 314 aa  233  4.0000000000000004e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 		 317 aa  232  5e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 298 aa  229  5e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  43.89 
 
 		 304 aa  225  8e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 313 aa  221  9.999999999999999e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 323 aa  219  3.9999999999999997e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 319 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 295 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 310 aa  209  3e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 308 aa  206  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  41.7 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 339 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 339 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 325 aa  199  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  41.94 
 
 		 313 aa  193  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 325 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 323 aa  188  7e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 353 aa  176  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 328 aa  171  1e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.69 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 307 aa  142  9e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 318 aa  139  6e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 307 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 307 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 307 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 307 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 307 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 305 aa  132  5e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 313 aa  132  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  132  9e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.56 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 333 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0997  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.940452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 307 aa  129  6e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.9 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  31.67 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  29.33 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 322 aa  126  5e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  30.54 
 
 		 341 aa  125  7e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 320 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.06 
 
 		 330 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 301 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 334 aa  122  5e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2735  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 305 aa  122  6e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101495  normal  0.0532303 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 309 aa  122  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  29.87 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  27.92 
 
 		 347 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1145  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.610214  normal  0.415034 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  29.93 
 
 		 326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 303 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>