More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1717 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
323 aa  648    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  53.1 
 
 
301 aa  299  4e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  53.56 
 
 
297 aa  288  8e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  51.86 
 
 
298 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  51.82 
 
 
314 aa  280  3e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 
304 aa  278  7e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  51.53 
 
 
298 aa  277  2e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 
301 aa  277  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
295 aa  270  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 
298 aa  269  5.9999999999999995e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  46.8 
 
 
304 aa  261  8.999999999999999e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  47.37 
 
 
307 aa  261  1e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  45.72 
 
 
307 aa  251  1e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  44.19 
 
 
319 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  48.04 
 
 
308 aa  250  3e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 
306 aa  249  3e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 
301 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 
301 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 
295 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  44.19 
 
 
321 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  44.74 
 
 
305 aa  232  6e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  44.82 
 
 
310 aa  229  4e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  43.11 
 
 
305 aa  229  4e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  44.86 
 
 
309 aa  229  7e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 
313 aa  226  3e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  42.28 
 
 
321 aa  226  4e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  45.61 
 
 
307 aa  225  7e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  44.71 
 
 
323 aa  222  4.9999999999999996e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 
302 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 
301 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 
301 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 
301 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  41.01 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
319 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  42.43 
 
 
325 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
323 aa  205  7e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
325 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  42.8 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
319 aa  200  3e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
339 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
339 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  41.57 
 
 
278 aa  199  7e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 
353 aa  192  8e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 
328 aa  181  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 
308 aa  171  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
303 aa  169  5e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  39.57 
 
 
307 aa  166  6.9999999999999995e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  37.55 
 
 
300 aa  153  4e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
308 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
308 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 
322 aa  143  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 
306 aa  142  5e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
308 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
305 aa  138  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
331 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.21 
 
 
300 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 
314 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
318 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  28.8 
 
 
347 aa  133  3e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  28.77 
 
 
300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  29.15 
 
 
309 aa  133  5e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 
314 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 
299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 
301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  29.11 
 
 
322 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.03 
 
 
327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  29.08 
 
 
314 aa  130  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 
311 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  25.84 
 
 
302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  29.14 
 
 
313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  26.23 
 
 
316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.45 
 
 
299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  27.95 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 
310 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.17 
 
 
323 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.56 
 
 
330 aa  126  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
318 aa  126  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 
334 aa  126  5e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
314 aa  126  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 
316 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
297 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 
326 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.96 
 
 
309 aa  124  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  28.97 
 
 
309 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
300 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
300 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.54 
 
 
302 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
302 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 
315 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
307 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
333 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 
315 aa  123  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  32.13 
 
 
341 aa  123  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>