More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2436 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  638    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  99.67 
 
 		 307 aa  630  1e-180  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  98.05 
 
 		 308 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  96.41 
 
 		 308 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  86.13 
 
 		 310 aa  555  1e-157  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  86.13 
 
 		 310 aa  554  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  85.9 
 
 		 314 aa  546  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  83.17 
 
 		 311 aa  543  1e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  84.14 
 
 		 309 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  83.83 
 
 		 309 aa  532  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 315 aa  318  6e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 301 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 303 aa  310  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 298 aa  309  4e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 301 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 301 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 301 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 301 aa  306  3e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 301 aa  306  3e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  48.47 
 
 		 300 aa  296  2e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 305 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  46.82 
 
 		 313 aa  277  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 315 aa  271  9e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  45.58 
 
 		 314 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  45.58 
 
 		 314 aa  265  5e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  44.9 
 
 		 321 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 300 aa  235  8e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  38.49 
 
 		 303 aa  228  8e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 310 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.47 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 318 aa  212  5.999999999999999e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  36.73 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.67 
 
 		 300 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 309 aa  205  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 332 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 306 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 307 aa  202  6e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  36.45 
 
 		 306 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 314 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 305 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  35.6 
 
 		 314 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 320 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 314 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 432 aa  195  8.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 306 aa  194  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 306 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  37.97 
 
 		 304 aa  193  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  192  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  33.97 
 
 		 316 aa  193  4e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 314 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 316 aa  191  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 323 aa  190  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 297 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  35.95 
 
 		 323 aa  189  4e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 317 aa  188  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 316 aa  188  8e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 316 aa  188  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 345 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  37.89 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  34.89 
 
 		 329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 321 aa  183  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 333 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.44 
 
 		 321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 331 aa  178  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 342 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  34.46 
 
 		 326 aa  177  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 355 aa  177  3e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.87 
 
 		 309 aa  176  3e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 322 aa  177  3e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  34.24 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 311 aa  176  6e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>