More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0794 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 301 aa  617  1e-176  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  61 
 
 		 307 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 300 aa  242  5e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 313 aa  231  2e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 315 aa  229  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  38.7 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3724  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.153047 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2296  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.671395 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3800  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 308 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 308 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 308 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0519  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 329 aa  209  5e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 307 aa  209  5e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  37.67 
 
 		 321 aa  207  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3690  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.996067 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5526  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 306 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  34.11 
 
 		 310 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 310 aa  203  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  35.49 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  35.49 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 308 aa  202  4e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.78 
 
 		 309 aa  203  4e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 308 aa  202  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1424  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 439 aa  199  5e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  34.23 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  31.65 
 
 		 306 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 314 aa  182  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 315 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00136  transcriptional regulator, LysR family protein  31.31 
 
 		 311 aa  175  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.262446  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.27 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  33.56 
 
 		 326 aa  166  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 319 aa  162  6e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  32.65 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  29.19 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 334 aa  152  7e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 320 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  29.21 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 432 aa  151  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 301 aa  149  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 330 aa  148  8e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  28.43 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 302 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  25.85 
 
 		 300 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 310 aa  145  8.000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 320 aa  145  8.000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 306 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 301 aa  145  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4733  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.7616 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 309 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 315 aa  143  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  29.11 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  26.71 
 
 		 321 aa  142  6e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  29.11 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 327 aa  142  7e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 323 aa  142  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 332 aa  142  9e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  27.56 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  28.25 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 318 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>