More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2446 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 327 aa  677    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  77.96 
 
 		 313 aa  497  1e-140  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  76.68 
 
 		 323 aa  495  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  61.97 
 
 		 321 aa  382  1e-105  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  47.92 
 
 		 327 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  48.71 
 
 		 323 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 320 aa  300  2e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  48.71 
 
 		 318 aa  300  3e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 322 aa  295  6e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  47.25 
 
 		 330 aa  295  7e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  48.71 
 
 		 323 aa  294  1e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  46.28 
 
 		 322 aa  291  1e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  49.35 
 
 		 323 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 319 aa  289  4e-77  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 319 aa  289  5.0000000000000004e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 323 aa  288  9e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  49.03 
 
 		 323 aa  288  1e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  48.71 
 
 		 319 aa  287  2e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 321 aa  281  9e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  48.22 
 
 		 326 aa  276  3e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 313 aa  255  6e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  43.79 
 
 		 313 aa  255  7e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 313 aa  255  9e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 311 aa  250  3e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 311 aa  248  1e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  43.67 
 
 		 311 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  42.03 
 
 		 285 aa  241  1e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 335 aa  230  3e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 310 aa  225  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 314 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 321 aa  189  5e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  33.23 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  42.54 
 
 		 243 aa  172  5e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  34.19 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 306 aa  170  4e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  31.7 
 
 		 309 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 312 aa  158  1e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 323 aa  155  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 323 aa  155  6e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  31.02 
 
 		 378 aa  155  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 313 aa  155  8e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  32.36 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  32.27 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 312 aa  154  2.9999999999999998e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 315 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 319 aa  153  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.43 
 
 		 319 aa  153  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.43 
 
 		 319 aa  153  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.43 
 
 		 319 aa  153  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.43 
 
 		 319 aa  153  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.11 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  32.11 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.11 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.11 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.11 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.11 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 318 aa  152  8e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  32.05 
 
 		 313 aa  152  8e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 297 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.11 
 
 		 319 aa  152  1e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 308 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  32.09 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 308 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  31.44 
 
 		 319 aa  150  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  32.25 
 
 		 314 aa  149  6e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 315 aa  149  7e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.44 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.84 
 
 		 321 aa  147  3e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3423  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 319 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0556291  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  30.48 
 
 		 321 aa  145  1e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  31.54 
 
 		 303 aa  144  3e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 307 aa  143  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  30.13 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 300 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>