More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003578 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  653    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  80.83 
 
 		 378 aa  545  1e-154  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1081  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  61.49 
 
 		 302 aa  399  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0405  LysR family transcriptional regulator  56.95 
 
 		 324 aa  371  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00196923  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  55.3 
 
 		 306 aa  354  1e-96  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  55.05 
 
 		 315 aa  353  2e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  55.3 
 
 		 306 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 312 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 306 aa  348  6e-95  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 306 aa  348  9e-95  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  54.97 
 
 		 306 aa  346  3e-94  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  53.27 
 
 		 311 aa  346  4e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  54.97 
 
 		 306 aa  345  6e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 327 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 323 aa  151  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 323 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.43 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 330 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 318 aa  146  5e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  32.59 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  31.45 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 323 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 313 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  28.71 
 
 		 323 aa  139  6e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  32.89 
 
 		 326 aa  136  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  30.35 
 
 		 327 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 306 aa  122  8e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 312 aa  122  9e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 335 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  28.37 
 
 		 285 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 313 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 313 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 311 aa  116  5e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 314 aa  116  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 311 aa  116  6e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 314 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  29.45 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  25.25 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 304 aa  109  8.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  27.24 
 
 		 313 aa  106  4e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  26.13 
 
 		 314 aa  106  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  26.4 
 
 		 341 aa  106  6e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  27.83 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  25.16 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  25.82 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 308 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  25.72 
 
 		 318 aa  102  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 313 aa  102  8e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  26.99 
 
 		 310 aa  102  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 310 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  27.01 
 
 		 321 aa  101  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 313 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3434  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 333 aa  100  4e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  26.58 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 300 aa  99.8  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 298 aa  99.8  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 311 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  25.66 
 
 		 301 aa  99.4  8e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 299 aa  99  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 319 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 309 aa  99  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 309 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 321 aa  97.8  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 312 aa  97.4  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 315 aa  97.1  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 342 aa  97.4  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 323 aa  97.1  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 295 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 333 aa  97.1  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 318 aa  96.7  4e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 326 aa  97.1  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 301 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>