More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal223_2060 on replicon NC_011663
Organism: Shewanella baltica OS223



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  629  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  98.37 
 
 		 306 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  98.04 
 
 		 306 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  96.73 
 
 		 306 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  95.1 
 
 		 306 aa  600  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  82.68 
 
 		 306 aa  536  1e-151  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  75.49 
 
 		 315 aa  494  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  76.82 
 
 		 312 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  75.9 
 
 		 311 aa  482  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  56.29 
 
 		 378 aa  363  1e-99  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  55.3 
 
 		 315 aa  354  1e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1081  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  53.49 
 
 		 302 aa  340  1e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0405  LysR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 324 aa  341  1e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00196923  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 330 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 327 aa  173  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 323 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 313 aa  170  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 323 aa  170  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 323 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  31.05 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  33.87 
 
 		 322 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.9 
 
 		 321 aa  160  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  34.29 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  31.63 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 313 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 313 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 313 aa  145  9e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 313 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  30.13 
 
 		 311 aa  142  5e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  29.45 
 
 		 285 aa  136  5e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 335 aa  135  6.0000000000000005e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  27.81 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  29.76 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 313 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0997  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.940452  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  27.6 
 
 		 321 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 310 aa  119  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  28.62 
 
 		 319 aa  119  7e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  26.42 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 323 aa  117  3e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 		 313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 319 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 301 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 300 aa  116  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 295 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 319 aa  116  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  25.08 
 
 		 310 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 342 aa  115  8.999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 307 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 301 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2319  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 310 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 342 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5736  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 308 aa  112  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401426  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  29.21 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0881  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>