More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0265 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  647    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  83.28 
 
 		 315 aa  542  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  79.48 
 
 		 311 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  78.15 
 
 		 306 aa  501  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  77.48 
 
 		 306 aa  497  1e-140  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  77.48 
 
 		 306 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  75.83 
 
 		 306 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  76.82 
 
 		 306 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  76.82 
 
 		 306 aa  490  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  55.16 
 
 		 378 aa  366  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 315 aa  353  2.9999999999999997e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1081  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  55.81 
 
 		 302 aa  348  6e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0405  LysR family transcriptional regulator  51.83 
 
 		 324 aa  340  2e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00196923  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 323 aa  170  3e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 330 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  33.96 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 327 aa  158  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.23 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  32.38 
 
 		 322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 319 aa  152  5e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  29.43 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  33.23 
 
 		 326 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  31.75 
 
 		 327 aa  142  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 306 aa  133  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 313 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 313 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 335 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  29.96 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  27.78 
 
 		 309 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  30.48 
 
 		 304 aa  126  5e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  28.1 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 311 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 311 aa  122  7e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 303 aa  119  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  28.66 
 
 		 301 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  28.28 
 
 		 304 aa  116  6e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 313 aa  112  6e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 310 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 306 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 353 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  30.18 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 314 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 355 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 355 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 355 aa  109  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 355 aa  109  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 355 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  28.19 
 
 		 313 aa  109  8.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 314 aa  109  8.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  26.42 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 311 aa  106  5e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 302 aa  105  8e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 322 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  28.57 
 
 		 321 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  26.17 
 
 		 341 aa  104  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 307 aa  103  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 319 aa  102  7e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  24.19 
 
 		 310 aa  102  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.84 
 
 		 309 aa  102  8e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  27.3 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 312 aa  100  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2008  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0820401  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  25.84 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 303 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  24.84 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  23.87 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>