More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0266 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  649    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  79.48 
 
 		 312 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  77.78 
 
 		 315 aa  503  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  76.55 
 
 		 306 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  75.82 
 
 		 306 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  76.22 
 
 		 306 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  75.16 
 
 		 306 aa  483  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  75.9 
 
 		 306 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  74.51 
 
 		 306 aa  480  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02537  transcriptional regulator  53.27 
 
 		 378 aa  350  1e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0405  LysR family transcriptional regulator  53.77 
 
 		 324 aa  348  7e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00196923  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003578  LysR-family transcriptional regulator  53.27 
 
 		 315 aa  346  3e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1081  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  54.1 
 
 		 302 aa  342  2.9999999999999997e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 320 aa  176  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 321 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  33.23 
 
 		 322 aa  161  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  33.97 
 
 		 323 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 323 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 323 aa  159  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 318 aa  159  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  33.23 
 
 		 321 aa  159  8e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  34.29 
 
 		 326 aa  157  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 319 aa  155  8e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 322 aa  154  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 327 aa  151  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  32.49 
 
 		 327 aa  150  3e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  29.45 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 313 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 311 aa  132  6e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  29.58 
 
 		 309 aa  132  9e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 335 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 315 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 313 aa  129  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  29.14 
 
 		 285 aa  127  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 314 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  29.13 
 
 		 314 aa  125  7e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  29.13 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  28.9 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 312 aa  123  5e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 313 aa  122  8e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 333 aa  122  9e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  29.17 
 
 		 321 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  25.9 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 310 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 303 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  28.71 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 319 aa  116  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 307 aa  116  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 321 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 353 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  25.71 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  27.95 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 314 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2319  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 355 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 309 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 311 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 355 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  29.43 
 
 		 311 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 295 aa  112  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 355 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 355 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 342 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 355 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5736  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 308 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  27.39 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 308 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0163  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>