More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05338 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  625  1e-178  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  81.23 
 
 		 304 aa  499  1e-140  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  37.58 
 
 		 309 aa  232  5e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 314 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 314 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 314 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 321 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 300 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 327 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 330 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 309 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  30.1 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 311 aa  142  6e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 313 aa  142  8e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 310 aa  142  8e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  33.22 
 
 		 313 aa  142  9e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 432 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  32.4 
 
 		 341 aa  140  1.9999999999999998e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 313 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 322 aa  139  4.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 310 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 297 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  31.71 
 
 		 314 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.18 
 
 		 310 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 304 aa  136  6.0000000000000005e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 312 aa  135  6.0000000000000005e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 332 aa  134  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 313 aa  134  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1325  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 294 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  31.97 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.18 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 312 aa  134  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  30.43 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 323 aa  133  5e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 306 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.58 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  31.63 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 320 aa  132  6e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 311 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 323 aa  132  6.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 295 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 298 aa  132  7.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 310 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1094  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 304 aa  131  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 325 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 306 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 319 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 319 aa  130  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 322 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 319 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 323 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  28.89 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 303 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1485  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.397513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  28.85 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 307 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.96 
 
 		 300 aa  125  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 314 aa  125  6e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>