More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3889 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  596  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 304 aa  279  4e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 304 aa  278  7e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 304 aa  278  9e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  47.67 
 
 		 304 aa  276  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  48.67 
 
 		 304 aa  277  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  47 
 
 		 304 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47 
 
 		 304 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  49.83 
 
 		 304 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  49.83 
 
 		 304 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 307 aa  259  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 300 aa  258  9e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 320 aa  253  3e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 300 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 301 aa  252  6e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 301 aa  251  7e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  50 
 
 		 314 aa  251  8.000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 300 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2183  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 304 aa  239  4e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.0364497 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.86 
 
 		 309 aa  235  7e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3265  transcriptional regulator, LysR family  42.51 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1584  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 324 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.275662 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 308 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3669  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 322 aa  232  5e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.654811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2074  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 307 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.572241 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 		 324 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  38.61 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 321 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 333 aa  176  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  40 
 
 		 304 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 322 aa  172  5.999999999999999e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 323 aa  169  4e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 432 aa  169  5e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.67 
 
 		 300 aa  168  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  35.9 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 326 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 304 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 332 aa  158  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.55 
 
 		 300 aa  158  9e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 298 aa  157  1e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2681  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 309 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 319 aa  156  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 342 aa  155  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 314 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 320 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 320 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 345 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 316 aa  155  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.45 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 309 aa  152  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 318 aa  152  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  35.52 
 
 		 302 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 314 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 318 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 327 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 308 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  32.88 
 
 		 298 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 326 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 315 aa  149  6e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 308 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  32.54 
 
 		 298 aa  148  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 336 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 297 aa  146  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 315 aa  146  3e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 309 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.89 
 
 		 309 aa  146  5e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>