More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3265 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3265  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 309 aa  628  1e-179  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  97.08 
 
 		 309 aa  586  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  73.75 
 
 		 308 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2074  LysR family transcriptional regulator  65.79 
 
 		 307 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.572241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3669  LysR family transcriptional regulator  66.12 
 
 		 322 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.654811 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1584  LysR family transcriptional regulator  65.56 
 
 		 324 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.275662 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  58.33 
 
 		 304 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 304 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 304 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  58 
 
 		 304 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  57.67 
 
 		 304 aa  361  8e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  57.33 
 
 		 304 aa  360  1e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  59 
 
 		 304 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  59 
 
 		 304 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  57.33 
 
 		 304 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 300 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 307 aa  335  7.999999999999999e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 320 aa  328  6e-89  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  52.16 
 
 		 301 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  52.51 
 
 		 301 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  52.51 
 
 		 300 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 300 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  55.94 
 
 		 314 aa  318  7e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  52.51 
 
 		 324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2183  LysR family transcriptional regulator  56.99 
 
 		 304 aa  311  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.0364497 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  42.51 
 
 		 300 aa  248  7e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  35.65 
 
 		 323 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 432 aa  153  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 333 aa  152  7e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 306 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 321 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  33.67 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  33.44 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 314 aa  150  4e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 310 aa  149  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.55 
 
 		 300 aa  149  8e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.69 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 302 aa  146  3e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  29.77 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 312 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 305 aa  146  5e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 316 aa  146  5e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 300 aa  145  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 316 aa  145  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 329 aa  145  7.0000000000000006e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 312 aa  145  7.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 326 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 309 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 312 aa  145  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  35.22 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 345 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 329 aa  144  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 301 aa  143  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 332 aa  142  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 314 aa  142  9e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  142  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 303 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 318 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 332 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 324 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 322 aa  139  6e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3696  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 325 aa  139  7e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.643345  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 328 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>