More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1962 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  618  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  79.26 
 
 		 300 aa  490  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  75.92 
 
 		 301 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  75.67 
 
 		 301 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  75.59 
 
 		 300 aa  463  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  75.25 
 
 		 300 aa  461  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  68.79 
 
 		 304 aa  421  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  71.48 
 
 		 304 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  71.48 
 
 		 304 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  67.79 
 
 		 304 aa  411  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  67.79 
 
 		 304 aa  412  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  67.79 
 
 		 304 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  67.45 
 
 		 304 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  66.78 
 
 		 304 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  66.78 
 
 		 304 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  65.37 
 
 		 314 aa  351  1e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2183  LysR family transcriptional regulator  64.31 
 
 		 304 aa  347  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.0364497 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  56.04 
 
 		 320 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 308 aa  327  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3265  transcriptional regulator, LysR family  53.42 
 
 		 309 aa  321  9.000000000000001e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  53.75 
 
 		 309 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2074  LysR family transcriptional regulator  55.03 
 
 		 307 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.572241 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1584  LysR family transcriptional regulator  55.37 
 
 		 324 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.275662 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3669  LysR family transcriptional regulator  55.03 
 
 		 322 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.654811 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  54.07 
 
 		 324 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  46.34 
 
 		 300 aa  259  4e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 304 aa  166  2.9999999999999998e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  33.11 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 309 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.49 
 
 		 299 aa  162  6e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 297 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 314 aa  162  7e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  35.25 
 
 		 304 aa  162  9e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  32.9 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  35.25 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 312 aa  159  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 432 aa  159  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 321 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 309 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.29 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 309 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 316 aa  156  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 312 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 307 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 309 aa  155  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2395  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 333 aa  154  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0563871 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 307 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4744  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  32 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  36.54 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 302 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 333 aa  153  4e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  31.7 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 316 aa  152  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 328 aa  152  5.9999999999999996e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 320 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 320 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 332 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 329 aa  151  1e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 329 aa  151  1e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 345 aa  151  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1026  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 311 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 311 aa  149  7e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 297 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>