More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5245 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  592  1e-168  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  62.75 
 
 		 301 aa  353  1e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  62.21 
 
 		 302 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  62.88 
 
 		 302 aa  351  7e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  62.54 
 
 		 302 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  61.87 
 
 		 309 aa  345  7e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  60.47 
 
 		 309 aa  328  9e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  60.2 
 
 		 306 aa  324  1e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  51.3 
 
 		 328 aa  313  1.9999999999999998e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 308 aa  312  3.9999999999999997e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 300 aa  265  5e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 311 aa  260  2e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  43.73 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  43.73 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4260  LysR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0138  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 311 aa  221  9e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.080069 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4140  LysR family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  42.9 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  38.03 
 
 		 309 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 307 aa  175  7e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 304 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 304 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 304 aa  167  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  35.16 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.78 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 304 aa  165  8e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 314 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  34.33 
 
 		 310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.39 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.93 
 
 		 300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.88 
 
 		 300 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 309 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 321 aa  159  5e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 312 aa  157  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 312 aa  155  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 336 aa  153  4e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 310 aa  152  5e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  36.7 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  30.55 
 
 		 316 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 310 aa  152  8e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 309 aa  152  8e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  35.67 
 
 		 321 aa  152  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 331 aa  151  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 309 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  37.7 
 
 		 304 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  37.29 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  38.82 
 
 		 321 aa  150  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  35.23 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2074  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 507 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.834558  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 304 aa  149  8e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 315 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 315 aa  148  9e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  31.61 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 317 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2525  LysR family regulatory protein  34.88 
 
 		 508 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.149922  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  39.6 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  32.24 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  36.12 
 
 		 316 aa  146  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 315 aa  145  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 394 aa  145  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  34.1 
 
 		 323 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 305 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 432 aa  145  9e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>