More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0138 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0138  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  613  9.999999999999999e-175  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.080069 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 311 aa  449  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  47.49 
 
 		 328 aa  274  1.0000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  46.96 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 300 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  47.62 
 
 		 304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 308 aa  248  9e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  46.26 
 
 		 304 aa  245  8e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 309 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 302 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  46.33 
 
 		 302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  45 
 
 		 302 aa  238  8e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  43.85 
 
 		 306 aa  223  4e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4260  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 308 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4140  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 297 aa  181  1e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  37.04 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 310 aa  166  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 307 aa  165  6.9999999999999995e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 316 aa  162  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 306 aa  162  7e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  36.04 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 355 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 355 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 355 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 329 aa  159  8e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 355 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 355 aa  158  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 345 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 313 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 305 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 304 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 319 aa  157  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  34.01 
 
 		 319 aa  156  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 333 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  32.03 
 
 		 316 aa  155  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 316 aa  155  1e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  35.33 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 394 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 311 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 432 aa  152  8e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 301 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.43 
 
 		 299 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  35.03 
 
 		 304 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  34.88 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  35.56 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  36.58 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 316 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  33.44 
 
 		 316 aa  149  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  36.86 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 332 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 312 aa  148  9e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 316 aa  149  9e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 315 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>