More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1318 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  588  1e-167  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 328 aa  287  1e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 302 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 308 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 309 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 311 aa  280  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  51.18 
 
 		 301 aa  279  4e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  52.72 
 
 		 302 aa  275  6e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 302 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5245  LysR family transcriptional regulator  52.9 
 
 		 303 aa  263  2e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.204558 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4324  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 309 aa  251  7e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.122962  normal  0.0785819 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0138  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 311 aa  244  9e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.080069 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  47.12 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4140  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 305 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4260  LysR family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 308 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  45.42 
 
 		 304 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  45.08 
 
 		 304 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 310 aa  185  8e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  37.76 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  40.72 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 329 aa  177  2e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 329 aa  177  3e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 313 aa  176  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 323 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 312 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 313 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 333 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 319 aa  172  5e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 319 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  36.83 
 
 		 323 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 300 aa  169  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 321 aa  169  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 321 aa  169  8e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  36.83 
 
 		 323 aa  168  9e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  41.53 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  40.96 
 
 		 321 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 323 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  38.68 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 322 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 318 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 331 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 		 323 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 320 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 320 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 306 aa  165  9e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.27 
 
 		 300 aa  165  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 323 aa  165  9e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 345 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  35.62 
 
 		 319 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 298 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  33.55 
 
 		 314 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 301 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  32.57 
 
 		 316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  36.84 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  35.44 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 319 aa  163  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 314 aa  163  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.03 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 317 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  35.92 
 
 		 322 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  37.67 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 333 aa  162  7e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  37.67 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 304 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  35.69 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3265  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 309 aa  162  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 308 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>