More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4455 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  621  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  84.97 
 
 		 309 aa  548  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  86.27 
 
 		 309 aa  548  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  80.78 
 
 		 307 aa  502  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  79.48 
 
 		 307 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  79.48 
 
 		 307 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  79.48 
 
 		 307 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  79.48 
 
 		 308 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  79.48 
 
 		 307 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  79.48 
 
 		 307 aa  498  1e-140  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  79.48 
 
 		 307 aa  499  1e-140  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  78.25 
 
 		 308 aa  495  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  78.25 
 
 		 308 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  78.25 
 
 		 308 aa  494  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  77.92 
 
 		 308 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  79.55 
 
 		 327 aa  483  1e-135  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  79.03 
 
 		 308 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  79.03 
 
 		 308 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  67.12 
 
 		 326 aa  423  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  67.47 
 
 		 325 aa  424  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  67.12 
 
 		 325 aa  423  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  52.29 
 
 		 333 aa  339  2.9999999999999998e-92  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 309 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  46.04 
 
 		 320 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 345 aa  257  1e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 320 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 320 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 314 aa  234  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 318 aa  229  6e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  44.01 
 
 		 301 aa  228  8e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  40.73 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  40.73 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  39.87 
 
 		 321 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  43.01 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 304 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 306 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  38.59 
 
 		 300 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  40.27 
 
 		 308 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 317 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.92 
 
 		 300 aa  209  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 314 aa  209  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 305 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 306 aa  207  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 318 aa  206  4e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 432 aa  206  4e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 301 aa  206  6e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 306 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 305 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 310 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.21 
 
 		 330 aa  200  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 332 aa  199  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 302 aa  199  7e-50  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 320 aa  198  9e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  38.94 
 
 		 298 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 306 aa  192  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 314 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 316 aa  192  7e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 317 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 314 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 306 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  36.79 
 
 		 310 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  38.05 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 307 aa  186  5e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 331 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 323 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  38.56 
 
 		 323 aa  182  6e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 306 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 316 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 333 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 303 aa  179  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  40.27 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.57 
 
 		 323 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  36.88 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  32.78 
 
 		 300 aa  173  2.9999999999999996e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  38.79 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  37.41 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>