More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5507 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  610  1e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  89.33 
 
 		 303 aa  531  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  87.5 
 
 		 306 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  87.5 
 
 		 306 aa  519  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  87.5 
 
 		 306 aa  519  1e-146  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  84.51 
 
 		 301 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  86.33 
 
 		 301 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  85.67 
 
 		 306 aa  489  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  71.23 
 
 		 299 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  71.23 
 
 		 310 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  64.75 
 
 		 318 aa  397  1e-109  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  63.61 
 
 		 333 aa  367  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  61.97 
 
 		 306 aa  362  5.0000000000000005e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  43.39 
 
 		 299 aa  251  8.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 307 aa  222  7e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 		 309 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 309 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 301 aa  208  9e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 332 aa  207  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 314 aa  207  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 320 aa  206  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 432 aa  203  2e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 304 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  38.91 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 308 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 317 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  37.28 
 
 		 326 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 327 aa  191  1e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.54 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 320 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 345 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 325 aa  191  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 320 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 		 325 aa  189  5.999999999999999e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 308 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 333 aa  188  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 331 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 308 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 306 aa  185  8e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 317 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.73 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  36.15 
 
 		 317 aa  179  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  36.63 
 
 		 316 aa  178  8e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 306 aa  178  8e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 306 aa  176  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 306 aa  175  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 305 aa  175  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.89 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 310 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 315 aa  169  6e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 311 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  35.14 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 333 aa  160  3e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 297 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  38.63 
 
 		 297 aa  156  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 313 aa  156  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 308 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 315 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  31.97 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>