More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc2243 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  100 
 
 		 326 aa  664    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  91.05 
 
 		 325 aa  590  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  91.36 
 
 		 325 aa  591  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  66.89 
 
 		 307 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  63.28 
 
 		 309 aa  422  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  63.61 
 
 		 309 aa  419  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  63.96 
 
 		 308 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 308 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 308 aa  410  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  63.93 
 
 		 308 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  64.72 
 
 		 327 aa  404  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 307 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 307 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 307 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 307 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 307 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 307 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 308 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 307 aa  391  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  62.99 
 
 		 308 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  63.31 
 
 		 308 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  51.6 
 
 		 333 aa  336  2.9999999999999997e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 309 aa  268  8e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 314 aa  244  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  43.51 
 
 		 320 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 345 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 320 aa  241  1e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 299 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 301 aa  216  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 318 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 301 aa  210  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 432 aa  209  7e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  37.38 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 301 aa  206  4e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.87 
 
 		 300 aa  205  9e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 317 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 309 aa  202  8e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 315 aa  200  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  36.42 
 
 		 321 aa  199  5e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 306 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 301 aa  199  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 306 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  35.83 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  36.72 
 
 		 314 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  35.83 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 306 aa  192  9e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 305 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.96 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.09 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 306 aa  190  4e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 332 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 317 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.36 
 
 		 330 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 316 aa  186  6e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 317 aa  179  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 320 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  33.76 
 
 		 316 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 316 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  35.81 
 
 		 298 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 310 aa  169  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 307 aa  169  9e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  37.8 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.55 
 
 		 323 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  37.41 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 306 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 336 aa  156  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 316 aa  156  4e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>