More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1942 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
320 aa  656    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 
307 aa  275  6e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 
307 aa  273  3e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 
307 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 
307 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 
307 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 
308 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 
307 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 
307 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 
307 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 
309 aa  264  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 
308 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 
309 aa  259  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 
308 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 
308 aa  257  1e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 
308 aa  256  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 
320 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 
345 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 
320 aa  256  4e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 
327 aa  253  3e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 
308 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 
309 aa  245  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 
308 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  45.16 
 
 
325 aa  245  8e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  44.8 
 
 
325 aa  245  8e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  43.51 
 
 
326 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 
333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
314 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 
299 aa  202  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
315 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.55 
 
 
300 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.1 
 
 
300 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
320 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 
305 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 
305 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.78 
 
 
321 aa  191  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 
318 aa  189  5e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.24 
 
 
308 aa  188  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 
304 aa  186  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 
331 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
306 aa  182  6e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
432 aa  182  6e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 
309 aa  181  1e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
301 aa  181  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
306 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
306 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
306 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  34.54 
 
 
318 aa  177  2e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
317 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.23 
 
 
330 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 
306 aa  176  4e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 
316 aa  176  5e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
305 aa  175  8e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
313 aa  175  9e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 
298 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 
314 aa  172  9e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 
310 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  31.42 
 
 
309 aa  172  1e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
315 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  34.69 
 
 
304 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
305 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
298 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  31.49 
 
 
304 aa  169  5e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 
299 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  34.01 
 
 
304 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 
314 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 
301 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 
310 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 
310 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 
311 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
314 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
342 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
308 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.44 
 
 
323 aa  165  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.67 
 
 
310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
333 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 
310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
308 aa  164  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
299 aa  164  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 
311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
298 aa  162  6e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 
326 aa  162  6e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
306 aa  162  7e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 
323 aa  162  8.000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  30.55 
 
 
323 aa  162  1e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 
298 aa  161  1e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
300 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
332 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>