More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3156 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
308 aa  627  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  99.03 
 
 
308 aa  622  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  97.08 
 
 
308 aa  610  9.999999999999999e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  96.75 
 
 
308 aa  607  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  96.75 
 
 
308 aa  607  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  96.43 
 
 
308 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  95.78 
 
 
327 aa  570  1.0000000000000001e-162  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  82.79 
 
 
307 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  81.82 
 
 
307 aa  512  1e-144  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  81.82 
 
 
307 aa  512  1e-144  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  81.82 
 
 
307 aa  512  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  81.82 
 
 
307 aa  512  1e-144  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  81.82 
 
 
307 aa  512  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  81.82 
 
 
308 aa  512  1e-144  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  81.82 
 
 
307 aa  512  1e-144  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  79.03 
 
 
307 aa  498  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  77.45 
 
 
309 aa  494  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  75.49 
 
 
309 aa  488  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  63.7 
 
 
326 aa  387  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  63.36 
 
 
325 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  63.36 
 
 
325 aa  381  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  51.16 
 
 
333 aa  312  3.9999999999999997e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 
309 aa  265  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  43.32 
 
 
320 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
314 aa  229  4e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
320 aa  221  9e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
320 aa  221  9e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
318 aa  221  9.999999999999999e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
345 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  41 
 
 
299 aa  220  3e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
301 aa  218  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
301 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  40.67 
 
 
300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
432 aa  212  7e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  39.87 
 
 
321 aa  211  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
301 aa  209  4e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
301 aa  209  4e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 
305 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 
305 aa  208  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 
305 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 
317 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.93 
 
 
300 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 
304 aa  202  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
305 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
314 aa  202  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 
332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  40.2 
 
 
318 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 
306 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 
306 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
306 aa  199  6e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  39.46 
 
 
308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 
309 aa  196  3e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
306 aa  194  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  40.99 
 
 
314 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
317 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 
316 aa  193  3e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  39.3 
 
 
301 aa  192  5e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  41.34 
 
 
314 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
320 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
306 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
306 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 
303 aa  191  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
306 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
302 aa  189  5e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
306 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
306 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
305 aa  187  2e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 
333 aa  183  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
301 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
306 aa  182  6e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 
315 aa  182  7e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
317 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
310 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 
299 aa  179  8e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
306 aa  178  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
333 aa  176  6e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  35.43 
 
 
316 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 
316 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  32.21 
 
 
310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 
323 aa  172  6.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  35.95 
 
 
323 aa  172  9e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.54 
 
 
330 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
331 aa  171  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
309 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
310 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 
307 aa  168  9e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  37.72 
 
 
304 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  37.72 
 
 
304 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 
298 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  34 
 
 
310 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
314 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 
326 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.87 
 
 
309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  39.6 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 
309 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 
310 aa  163  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.390658 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>