More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_1550 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 333 aa  679    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  76.57 
 
 		 306 aa  443  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  63.14 
 
 		 299 aa  378  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  63.01 
 
 		 310 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  62.63 
 
 		 301 aa  368  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  63.61 
 
 		 303 aa  367  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  64.52 
 
 		 306 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  59.41 
 
 		 318 aa  365  1e-100  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  63.39 
 
 		 301 aa  364  1e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  64.52 
 
 		 306 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  64.52 
 
 		 306 aa  363  2e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  64.63 
 
 		 301 aa  352  7e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 306 aa  351  8.999999999999999e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  45.02 
 
 		 299 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  41.92 
 
 		 432 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 301 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 301 aa  212  7e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 309 aa  206  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 331 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 309 aa  203  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.67 
 
 		 300 aa  203  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 309 aa  202  6e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 333 aa  202  7e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.7 
 
 		 300 aa  199  5e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 332 aa  196  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 317 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 314 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 320 aa  196  5.000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 318 aa  195  8.000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 308 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  192  6e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 308 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 314 aa  192  9e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 304 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 305 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 301 aa  189  7e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 305 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 320 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 314 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  37.76 
 
 		 326 aa  187  3e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 345 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 316 aa  185  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 316 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 306 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 306 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  37.42 
 
 		 327 aa  183  3e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 314 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 317 aa  182  9.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 306 aa  182  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 308 aa  180  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  39.34 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 325 aa  176  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 316 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.18 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 297 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  34.56 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  168  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  34.95 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.11 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 315 aa  166  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 297 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 308 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 297 aa  165  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>