More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2081 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  637    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  98.7 
 
 		 307 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  98.05 
 
 		 308 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  97.39 
 
 		 308 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  86.77 
 
 		 310 aa  555  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  86.45 
 
 		 310 aa  553  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  86.56 
 
 		 314 aa  547  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  84.79 
 
 		 309 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  83.93 
 
 		 311 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  84.49 
 
 		 309 aa  533  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 315 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  51.54 
 
 		 301 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 303 aa  310  2e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 301 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 301 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 301 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 301 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 301 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 298 aa  306  3e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  48.14 
 
 		 300 aa  293  2e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  46.6 
 
 		 305 aa  281  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  46.82 
 
 		 313 aa  276  3e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 315 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  45.16 
 
 		 314 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  45.19 
 
 		 314 aa  268  8.999999999999999e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  45.24 
 
 		 321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 300 aa  232  7.000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  38.83 
 
 		 303 aa  230  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 301 aa  216  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 318 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  36.73 
 
 		 301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.14 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 306 aa  205  8e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 306 aa  202  4e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.67 
 
 		 300 aa  201  9e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  35.92 
 
 		 314 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  36.45 
 
 		 306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 332 aa  200  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 305 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 305 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 432 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  33.44 
 
 		 316 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 306 aa  193  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 306 aa  193  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 323 aa  193  4e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 302 aa  192  5e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 323 aa  192  7e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 317 aa  192  7e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 314 aa  192  8e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 301 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  37.63 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 316 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 306 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 316 aa  189  4e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 314 aa  189  5e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 314 aa  189  5e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 314 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 317 aa  187  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 320 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 320 aa  186  4e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 345 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 333 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  38.25 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 321 aa  183  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.78 
 
 		 321 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 329 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 329 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 342 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 355 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 331 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  176  5e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 311 aa  176  5e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  34.8 
 
 		 311 aa  176  5e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  34.46 
 
 		 326 aa  176  6e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 323 aa  175  8e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 336 aa  175  9e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 355 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 355 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 355 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>