More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0925 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  642    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 321 aa  352  4e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 342 aa  352  7e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  57.19 
 
 		 326 aa  347  2e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  58.12 
 
 		 323 aa  347  2e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  58.8 
 
 		 319 aa  344  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  57.79 
 
 		 323 aa  343  2e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 333 aa  335  7e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  54.31 
 
 		 318 aa  328  7e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 322 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  36.84 
 
 		 309 aa  192  8e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  33.79 
 
 		 347 aa  188  9e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 308 aa  175  8e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 308 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.13 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 310 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 314 aa  168  9e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  36.48 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  34.94 
 
 		 310 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 311 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.33 
 
 		 300 aa  165  8e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 308 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 307 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 307 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 307 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 307 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 307 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 307 aa  161  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 331 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  159  5e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  31.03 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 315 aa  155  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 327 aa  156  6e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 308 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 320 aa  155  9e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  35.08 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 308 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  32.52 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 333 aa  154  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 316 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  35.08 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 310 aa  150  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 309 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 319 aa  149  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 432 aa  149  6e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.44 
 
 		 300 aa  149  8e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  37.3 
 
 		 298 aa  149  8e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 297 aa  149  9e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 297 aa  149  9e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 297 aa  149  9e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 297 aa  149  9e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 314 aa  149  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 297 aa  149  9e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 329 aa  147  3e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 329 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 345 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 320 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 320 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 318 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 295 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 330 aa  145  9e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 332 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 314 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  30.5 
 
 		 326 aa  144  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 305 aa  143  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 306 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.19 
 
 		 314 aa  142  6e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 309 aa  142  6e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 320 aa  142  6e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>