More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3652 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  650    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  89.94 
 
 		 309 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  89.84 
 
 		 310 aa  569  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  89.51 
 
 		 310 aa  567  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  88.6 
 
 		 309 aa  563  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  87.99 
 
 		 311 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  86.23 
 
 		 307 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  86.56 
 
 		 308 aa  547  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  87.21 
 
 		 308 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  85.9 
 
 		 308 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 303 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 315 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  49.01 
 
 		 300 aa  299  3e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  48.5 
 
 		 301 aa  298  7e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 		 301 aa  295  5e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 301 aa  295  5e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 301 aa  295  5e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 301 aa  295  6e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 301 aa  295  1e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 298 aa  293  2e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 305 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 313 aa  266  4e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 315 aa  263  3e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 314 aa  261  8.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  43.89 
 
 		 314 aa  260  2e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  44.26 
 
 		 321 aa  245  6.999999999999999e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  39.8 
 
 		 303 aa  224  1e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 317 aa  209  3e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.12 
 
 		 300 aa  206  5e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 310 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 318 aa  204  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 306 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.78 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  33.77 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 301 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  35.81 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 432 aa  192  4e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 301 aa  192  5e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 317 aa  189  5e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 316 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  32.92 
 
 		 316 aa  188  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  35 
 
 		 306 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 301 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 307 aa  187  3e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 332 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  36.68 
 
 		 301 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 		 316 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 316 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  37.67 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 298 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 329 aa  179  4e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 306 aa  179  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 323 aa  176  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 336 aa  176  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 317 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  35.65 
 
 		 323 aa  176  4e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 314 aa  176  7e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 305 aa  174  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  33.67 
 
 		 326 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  33.75 
 
 		 314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.67 
 
 		 321 aa  171  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 345 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  33.33 
 
 		 317 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  170  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 334 aa  169  4e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  36.56 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 311 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  34.74 
 
 		 311 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 355 aa  168  8e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  31 
 
 		 309 aa  169  8e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 323 aa  168  9e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 355 aa  168  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>