More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5043 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  614  1e-175  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  71.04 
 
 		 315 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  70.37 
 
 		 301 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  70.37 
 
 		 301 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  70.37 
 
 		 301 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  69.57 
 
 		 301 aa  411  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  70.37 
 
 		 301 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  69.33 
 
 		 301 aa  410  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 298 aa  322  7e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 308 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  50.5 
 
 		 310 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 307 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 308 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 308 aa  310  2e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  49.83 
 
 		 310 aa  308  9e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 311 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 314 aa  305  7e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.5 
 
 		 309 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  49.17 
 
 		 309 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 305 aa  258  8e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  42.32 
 
 		 300 aa  257  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  43.96 
 
 		 314 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 313 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 314 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 315 aa  229  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  45.24 
 
 		 321 aa  220  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  37.33 
 
 		 303 aa  196  6e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 306 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  37.88 
 
 		 306 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 307 aa  179  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 316 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  37.72 
 
 		 298 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  32.66 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  36.96 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  36.96 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 308 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 331 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 308 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 317 aa  172  5e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 308 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  34.9 
 
 		 321 aa  172  7.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 305 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  37.02 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1424  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 439 aa  171  2e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 306 aa  170  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 		 306 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 306 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 309 aa  169  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 316 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 320 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 345 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0519  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 329 aa  168  1e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 320 aa  167  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 317 aa  167  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  34.22 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 307 aa  166  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.76 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  33.45 
 
 		 326 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  36.05 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 318 aa  162  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 432 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 310 aa  162  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 308 aa  160  3e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.72 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 306 aa  159  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 307 aa  158  9e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 317 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3800  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3724  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.153047 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>