More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05202 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  100 
 
 		 304 aa  608  1e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 305 aa  205  7e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 306 aa  195  6e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  40.92 
 
 		 306 aa  196  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 308 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 306 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 317 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  38.71 
 
 		 310 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 307 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  40.53 
 
 		 305 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 		 306 aa  191  9e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 310 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.15 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.69 
 
 		 300 aa  189  4e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 305 aa  189  4e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.69 
 
 		 309 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 432 aa  189  5e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 309 aa  188  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  38.82 
 
 		 309 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 318 aa  186  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 304 aa  183  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 297 aa  182  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 316 aa  182  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 332 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 314 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 		 315 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 314 aa  178  9e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 314 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 301 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 331 aa  175  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 306 aa  175  9e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 305 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  35.39 
 
 		 321 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 309 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 307 aa  171  1e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 345 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 320 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  38.55 
 
 		 297 aa  168  9e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 307 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 307 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 307 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 307 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 307 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4733  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.7616 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 308 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 307 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  35.69 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 308 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 299 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 297 aa  165  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 308 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0334  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 351 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.86077  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3641  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.165522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  34.58 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 		 319 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 326 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2491  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 344 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 320 aa  162  6e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>