More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01749 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  100 
 
 
300 aa  623  1e-177  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  80.67 
 
 
305 aa  522  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 
310 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  49.01 
 
 
314 aa  299  3e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  50 
 
 
310 aa  298  6e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 
308 aa  296  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 
311 aa  295  9e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.49 
 
 
309 aa  294  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 
307 aa  294  1e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 
308 aa  293  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 
308 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  48.99 
 
 
309 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 
298 aa  267  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 
301 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 
301 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 
315 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 
301 aa  264  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 
301 aa  264  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 
301 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 
301 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 
303 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 
314 aa  236  4e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 
314 aa  235  8e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 
315 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 
313 aa  232  4.0000000000000004e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  40.13 
 
 
303 aa  223  3e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
300 aa  217  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  38.64 
 
 
321 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
301 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  34.23 
 
 
301 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 
311 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  34.28 
 
 
311 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 
301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 
355 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 
355 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 
355 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 
355 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  34.28 
 
 
355 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  32.77 
 
 
317 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
317 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
311 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
308 aa  175  9e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
301 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
317 aa  175  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  34 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  33.87 
 
 
314 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
318 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
322 aa  171  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  32.88 
 
 
326 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  34.5 
 
 
314 aa  170  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 
331 aa  170  3e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
305 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
306 aa  169  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
310 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
301 aa  169  5e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
302 aa  169  5e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
307 aa  168  8e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
309 aa  168  9e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
308 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
308 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  31.89 
 
 
308 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
308 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  31.89 
 
 
308 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
305 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
306 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
302 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
306 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 
307 aa  167  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
298 aa  166  5e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  34.71 
 
 
298 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 
334 aa  165  6.9999999999999995e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
314 aa  165  8e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1424  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 
439 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
432 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3724  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.153047 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3800  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
301 aa  163  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  31.33 
 
 
306 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  34.36 
 
 
298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.64 
 
 
300 aa  162  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 
333 aa  162  7e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.41 
 
 
300 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 
300 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 
300 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
319 aa  161  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0999  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 
315 aa  161  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.913515  normal  0.929233 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  33.56 
 
 
304 aa  160  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
298 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  31.95 
 
 
316 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
308 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
307 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
307 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
307 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
307 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 
307 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 
307 aa  159  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
306 aa  159  5e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
320 aa  159  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0764365 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>