More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1974 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 317 aa  652    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  89.47 
 
 		 317 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  186  5e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 301 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 310 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  35.22 
 
 		 310 aa  178  9e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  32.43 
 
 		 300 aa  178  1e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.22 
 
 		 309 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 308 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 307 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 311 aa  171  2e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 301 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  33.22 
 
 		 321 aa  170  4e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 314 aa  169  4e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 309 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 315 aa  169  5e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 314 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 318 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.87 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  34.47 
 
 		 321 aa  166  5.9999999999999996e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  31.71 
 
 		 301 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 331 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  32.76 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 308 aa  162  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 302 aa  162  6e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 318 aa  162  8.000000000000001e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 301 aa  161  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.42 
 
 		 300 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 306 aa  161  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  31.86 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  32.42 
 
 		 319 aa  160  4e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  32.55 
 
 		 321 aa  160  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 307 aa  160  4e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 345 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 320 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.79 
 
 		 302 aa  159  7e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 320 aa  159  8e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 355 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  32.11 
 
 		 314 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  32.11 
 
 		 314 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  32.16 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 355 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 355 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 355 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 355 aa  157  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  32.11 
 
 		 314 aa  157  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 432 aa  156  4e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  32.11 
 
 		 341 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.42 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 306 aa  155  9e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  31.85 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  31.77 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  31.53 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  28.87 
 
 		 301 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  31.53 
 
 		 314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  30.95 
 
 		 314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  31.53 
 
 		 314 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 309 aa  152  8.999999999999999e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  31.53 
 
 		 314 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  31.53 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  31.53 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  31.53 
 
 		 314 aa  152  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  30.38 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  29.79 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  29.79 
 
 		 318 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  29.79 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>