More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2213 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 326 aa  671    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0636  LysR family transcriptional regulator  48.37 
 
 		 302 aa  281  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00136  transcriptional regulator, LysR family protein  42.86 
 
 		 311 aa  254  2.0000000000000002e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.262446  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 313 aa  211  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 315 aa  208  9e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 300 aa  202  6e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  35.79 
 
 		 306 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  34.9 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  35.35 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 310 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 298 aa  182  7e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 309 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.78 
 
 		 309 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  35.33 
 
 		 321 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 307 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 308 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 314 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 311 aa  172  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  32.88 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  33.56 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 315 aa  153  5e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3690  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.996067 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5526  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 306 aa  152  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 307 aa  152  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  31.1 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  31.1 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 301 aa  150  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2656  transcriptional regulator  32.77 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2517  transcriptional regulator  32.77 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0156688  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0948  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 308 aa  149  8e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0241  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1620  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3724  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.153047 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3800  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0503398 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4563  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.340631  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 310 aa  146  5e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1424  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 439 aa  146  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 432 aa  146  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 316 aa  145  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 304 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0519  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 329 aa  143  5e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  30.38 
 
 		 304 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.73 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2296  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.671395 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 326 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 306 aa  139  7e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 320 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 322 aa  134  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  30.56 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  30.39 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 307 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 314 aa  132  5e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  133  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 326 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 320 aa  132  9e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  30.23 
 
 		 317 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 345 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 320 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  129  6e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.62 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 299 aa  129  8.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 301 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  30.67 
 
 		 309 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>