More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0145 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 326 aa  655    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  71.97 
 
 		 342 aa  472  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  71.84 
 
 		 333 aa  454  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  69.97 
 
 		 318 aa  454  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  73.46 
 
 		 323 aa  456  1e-127  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  70.61 
 
 		 319 aa  456  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  73.46 
 
 		 323 aa  456  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 323 aa  347  2e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  56.91 
 
 		 321 aa  314  9.999999999999999e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  35.9 
 
 		 309 aa  207  2e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 322 aa  207  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  38.08 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 300 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 302 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.48 
 
 		 300 aa  172  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 307 aa  170  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 307 aa  170  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 312 aa  169  6e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  31.86 
 
 		 347 aa  168  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 332 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.25 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 314 aa  166  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 313 aa  166  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 317 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 314 aa  165  8e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 345 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 307 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 309 aa  163  4.0000000000000004e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 329 aa  163  4.0000000000000004e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 316 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 313 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 320 aa  162  7e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 333 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 323 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 313 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 329 aa  161  1e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 319 aa  162  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 331 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  34.29 
 
 		 321 aa  160  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 327 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 322 aa  160  4e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 299 aa  160  4e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 321 aa  160  4e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1167  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 309 aa  159  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  159  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.3 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  33.66 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 309 aa  157  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.76 
 
 		 314 aa  157  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 305 aa  156  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 336 aa  155  6e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 432 aa  155  1e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 314 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 316 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 319 aa  152  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 300 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  34.6 
 
 		 319 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>