More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0378 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  591  1e-168  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  75.5 
 
 		 302 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  74.83 
 
 		 302 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  69.7 
 
 		 299 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 326 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 307 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  44.68 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 310 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  34.62 
 
 		 316 aa  179  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  34.29 
 
 		 314 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 316 aa  173  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 319 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 333 aa  173  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 336 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 326 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  35.9 
 
 		 314 aa  171  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 329 aa  169  4e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  37.29 
 
 		 310 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 432 aa  169  5e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.96 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 314 aa  168  9e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 314 aa  167  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 315 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 323 aa  167  2e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 329 aa  166  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  35.87 
 
 		 323 aa  166  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  33.78 
 
 		 300 aa  166  5e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 342 aa  166  5e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3454  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 331 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.35 
 
 		 300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 300 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 314 aa  162  7e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 333 aa  160  4e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3640  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 327 aa  159  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.525425  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  37.92 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 318 aa  159  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2547  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 334 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 308 aa  158  9e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  38.75 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 301 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 316 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 316 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  38 
 
 		 304 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 311 aa  155  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.67 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 345 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 320 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  33 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 316 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 320 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 320 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 309 aa  153  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 331 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  36.43 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 308 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  33.01 
 
 		 323 aa  153  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  33.8 
 
 		 304 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 297 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>