More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2908 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  641    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3454  LysR family transcriptional regulator  55.05 
 
 		 331 aa  344  8.999999999999999e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5736  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 308 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 342 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2319  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 308 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0881  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 306 aa  206  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 326 aa  205  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 310 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0583  putative transcriptional regulator  37.18 
 
 		 321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06240  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 308 aa  168  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.144211  normal  0.0778984 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 326 aa  153  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 307 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 310 aa  149  7e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 322 aa  145  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 432 aa  144  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 307 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  32.06 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 310 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31 
 
 		 309 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 345 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3547  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.570181  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.59 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 310 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 306 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 333 aa  135  8e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 311 aa  135  9e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 316 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.85 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 319 aa  133  5e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  31.07 
 
 		 319 aa  133  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 317 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 315 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.2 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  33.1 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 311 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  29.67 
 
 		 304 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002655  LysR-like transcriptional regulator  30.38 
 
 		 306 aa  129  7.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 310 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 298 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  29.8 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  30.46 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.13 
 
 		 330 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  30.46 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 317 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  29.61 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0579  putative LysR-like regular protein  29.73 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.408916  normal  0.164447 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  27.39 
 
 		 321 aa  126  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 312 aa  126  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 306 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 300 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  28.99 
 
 		 309 aa  126  6e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 300 aa  126  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3321  helix-turn-helix, Fis-type  29.14 
 
 		 311 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 342 aa  125  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>