More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002655 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002655  LysR-like transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  634    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03340  transcriptional regulator  87.87 
 
 		 313 aa  573  1.0000000000000001e-162  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0579  putative LysR-like regular protein  63.82 
 
 		 309 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.408916  normal  0.164447 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 318 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 320 aa  165  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 432 aa  161  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.31 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  30.95 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 		 304 aa  156  4e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  30.27 
 
 		 304 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 307 aa  151  1e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 304 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 307 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  35.05 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  31.37 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  35.55 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.58 
 
 		 300 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  35.55 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 304 aa  146  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  32.38 
 
 		 326 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 309 aa  146  6e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 308 aa  143  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 325 aa  142  7e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.59 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 304 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 308 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.74 
 
 		 316 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 300 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 309 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 301 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 314 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 320 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 333 aa  136  4e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 315 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 336 aa  133  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 318 aa  132  6e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 306 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 315 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 310 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 314 aa  129  6e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1026  transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.57 
 
 		 330 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 306 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 316 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 308 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 331 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1751  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4326  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0383  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.519402  normal  0.118224 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 320 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>