More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2235 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 314 aa  643    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  94.27 
 
 		 314 aa  614  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  80.19 
 
 		 314 aa  525  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  77.96 
 
 		 316 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  64.92 
 
 		 336 aa  419  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  61.69 
 
 		 315 aa  409  1e-113  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  61.36 
 
 		 314 aa  408  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  60.77 
 
 		 329 aa  408  1e-113  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  60.77 
 
 		 329 aa  407  1.0000000000000001e-112  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  60.45 
 
 		 314 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 316 aa  390  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  58.2 
 
 		 317 aa  385  1e-106  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  60.77 
 
 		 329 aa  384  1e-105  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 308 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  33.65 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  34.19 
 
 		 310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.55 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 311 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.07 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 310 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 312 aa  174  9.999999999999999e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.12 
 
 		 300 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 310 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.37 
 
 		 300 aa  170  3e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 319 aa  170  3e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 302 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  33.23 
 
 		 300 aa  169  7e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 331 aa  169  7e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 315 aa  168  8e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  33.44 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 313 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  34.36 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 320 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 305 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 304 aa  165  8e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 319 aa  165  8e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 432 aa  165  9e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 326 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  33.97 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  33.97 
 
 		 314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 321 aa  163  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 345 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 304 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 320 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 320 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.99 
 
 		 319 aa  162  6e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.2 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  33.88 
 
 		 304 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  33.02 
 
 		 327 aa  161  1e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 304 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  33.23 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 314 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  33.77 
 
 		 298 aa  160  4e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 304 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 301 aa  159  6e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 318 aa  158  9e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 330 aa  158  1e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 334 aa  158  1e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.44 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>